Ein wichtiges Schutzziel des Naturschutzgebietes Borkener See ist die Erhaltung des nährstoffarmen Sees als eines der seltensten und gefährdetsten mitteleuropäischen Ökosysteme und als Lebensraum für gefährdete Wasservögel.
Das Verlassen der Wege sowie das Baden im See ist daher strengstens verboten. Besucherinnen und Besucher können das Schutzgebiet entlang der ausgewiesenen Wanderwege erleben.
An einigen Stellen sollen die wildlebenden Tiere und Pflanzen durch natürliche Barrieren (Schwarzdorn, etc.) geschützt werden.
Durch ständiges Verlassen der Wege und unerlaubtes Anlegen von Trampelpfaden sowie das aktive Zurückschneiden von Hecken, konnten sich diese natürlichen Barrieren stellenweise nicht ausreichend entwickeln. Diese Hecken sollen nun ergänzt werden und bis zur ausreichenden Entwicklung vorübergehend durch einen Zaun geschützt werden. Langfristig werden diese Hecken so gepflegt, dass vorhandene Wege und Aussichtspunkte nicht beeinträchtigt werden. So soll das Naturerlebnis am Borkener See im Sinne von Mensch und Natur bewahrt werden und erlebbar bleiben.